בהתאם להחלטת ממשלה בעניין "תכנית לאומית מורחבת לניטור הים התיכון", חיא"ל מגישה מידי שנה דוחות ניטור על פי תוכנית שגובשה ע"י חיא"ל, המשרד להגנת הסביבה, משרד האנרגיה בסיוע משרד המדע והטכנולוגיה וגופים נוספים. חיא"ל משמשת כגוף הביצוע העיקרי לתכנית הניטור, ובכלל זה מרכזת את פעולות הניטור, מרחיבה את מרכז המידע הימי הלאומי שפותח על ידה, מגישה דו"ח שנתי של תוצאות הניטור, מחזיקה ומפעילה תשתיות ניטור לאומי, ובכללן תחנות ומערכות למדידה רציפה של פרמטרים בים ומודלים אוקיאנוגרפיים אופרטיביים.
דוחות הניטור נועדו לתת לגופים המחליטים מידע מדעי עדכני שישמש אותם לשם גיבוש החלטות מושכלות; לשמש בסיס נתונים עבור חוקרים; ולידיעת הציבור הרחב.
להלן דוחות הניטור לשנת 2022:
ניטור פסולת ימית (כולל מפרץ אילת)
ניטור שינויי אקלים והמערכת ההידרוגרפית
להלן דוחות הניטור לשנת 2020 ולשנת 2021:
דו"ח ניטור שלמות הקרקעית/סדימנטולוגיה 2021-2017
דו"ח ניטור שינויי אקלים והמערכת ההידרוגרפית 2021
דו"ח ניטור המגוון הביולוגי 2021
דו"ח ניטור זיהום ים 2021
דו"ח ניטור פסולת ימית (כולל מפרץ אילת) 2021
דו"ח ניטור המגוון הביולוגי 2020
דו"ח ניטור שינויי אקלים והמערכת ההידרוגרפית 2020
דו"ח ניטור פסולת ימית 2020
דו"ח ניטור שלמות הקרקעית/סדימנטולוגיה 2020-2017
דו"ח ניטור זיהום ים 2020
