המעבדה לחקר הכנרת ע"ש יגאל אלון, הממוקמת ב"אתר ספיר" (טבחה), עוסקת בניטור שוטף של המערכת האקולוגית של הכינרת ובמחקר של התהליכים הפועלים באגם ומשפיעים עליו. נתוני הניטור והמחקר משמשים לקבלת החלטות על תפעול הכינרת כמרכיב מרכזי של מערכת אספקת המים הארצית וניצולה לצרכים נוספים (נופש, דיג) תוך שמירה על איכות מימיה. המעבדה מספקת מידע וייעוץ מקצועי לרשות המים, למשרדי ממשלה נוספים ולגורמים ציבוריים וכן למגזר הפרטי בכל הקשור לניצול בר-קיימא של הכינרת.
פעולות הניטור והמחקר של המעבדה שלובות זו בזו. תכנית הניטור של הכינרת כוללת דיגום תקופתי ואיסוף רציף של נתונים במספר נקודות באגם, ובדיקה של מספר רב של משתנים פיזיקליים, כימיים וביולוגיים המשקפים את מצב המערכת האקולוגית. מחקרי המעבדה מתמקדים בתהליכים הפועלים בכינרת ובאגן ההיקוות שלה, מכוונים את פעולות הניטור ויוצרים בסיס מדעי לפענוח נתוני הניטור ותופעות ושינויים המתרחשים באגם. נושאי המחקר כוללים בין היתר: תהליכי זרימה וערבוב בכינרת, הסעת חומרים אל הכינרת ומחזורי החומרים בתוכה, מבנה ותפקוד המערכת האקולוגית של הכנרת, הגורמים להתפתחות אצות מזיקות בכנרת, תגובת המערכת האקולוגית לשינויים במפלס המים בכינרת, ההשפעות של פעילות אנושית על המערכת האקולוגית ואיכות המים ופיתוח של מודלים להדמיה של מכלול התהליכים הפועלים בכינרת ולבחינה של תרחישי תפעול של האגם.
